El Patronato de Fundar, en tanto que órgano de gobierno y representación de la entidad, tiene la responsabilidad de velar por el cumplimiento de los objetivos fundacionales y administrar los bienes y derechos que integran el patrimonio de esta institución, de acuerdo a lo dispuesto en el ordenamiento jurídico y en los estatutos.

En diciembre de 2007 se produjo la última reestructuración de los componentes del patronato, con la incorporación, como novedad más destacada, del conseller de Inmigración, Participación y Ciudadanía, el Hble. Sr. D. Rafael Blasco, como presidente de Fundar.

Tras los últimos cambios, el patronato pasa a estar formado por diez miembros (dos más que antes), de los cuales dos son designados por la Conselleria de Bienestar Social, dos por la Conselleria de Inmigración, cuatro por Bancaja; uno de la Plataforma Valenciana de Entidades de Voluntariado Social y un último en representación de las organizaciones valencianas de voluntariado. Actualmente está integrado de la siguiente manera:

Hble. Sr. D. Rafael Blasco Castany,
Conseller de Inmigración y Ciudadanía.

D. Vicente Montesinos Vernetta,
Vicepresidente primero de la Comisión Permanente de la Fundación Bancaja.

Ilma. Sra. D.ª Gotzone Mora Temprano,
Secretaria Autonómica de Inmigración y Ciudadanía.

Ilmo. Sr. D. David Ignacio Calatayud Chover,
Secretario Autonómico de Bienestar Social.

Ilmo. Sr. D. Josep Maria Felip i Sardà,
Director General de Inmigración.

D. José María Cataluña Oliver,
Vicepresidente tercero de la Fundación Bancaja.

D. Ángel Álvarez Martín,
Vicepresidente quinto de la Comisión Permanente
de la Fundación Bancaja.

D. Fernando del Rosario Romero,
Experto en temas de voluntariado.

D. Francisco López Segarra,
Tesorero de la Plataforma del Voluntariat Social
de la Comunitat Valenciana.

D.ª Ester Fonfría Novella
Secretaria del Patronato y gerente de Fundar.